N64 - Banjo Tooie

Die Handlung beginnt zwei Jahre nach dem Ende des ersten Teils als die Hexe Gruntilda von ihrem Turm stürtzte und von einem Felsen begraben wurde. In einer gewittrigen Nacht wird Gruntilda von ihren beiden Schwestern, Mingella und Blobbelda durch einen Levitationszauber von jenem Felsen befreit. Durch die lange Verweildauer unter der Erde hat sie sich jedoch in ein Skelett verwandelt und sinnt deswegen auf Rache an Banjo und Kazooie.
Zur selben Zeit spielen Banjo und seine Freunde, der Maulwurf Bottles und der Zauberer Mumbo Jumbo in seinem Haus Karten. Aufgeschreckt durch ein Erdbeben, dass die Ankunft von Gruntildas Schwestern in ihrem als Grabbohrer bezeichneten Kettenfahrzeug mit einer riesigen Bohrmaschine zum Graben von Tunneln ankündigt, beobachtet Mumbo Jumbo das Treiben der Hexen. Als er daraufhin entdeckt wird, verfolgt ihn Gruntilda bis zu Banjos Haus und zerstört es mit einem Zauberspruch. Dabei kommt Bottles zu Tode und die Hexen fliehen in ihre Festung. Banjo, Kazooie und Mumbo beschließen die Hexen zu verfolgen und es ihnen ihrerseits heimzuzahlen und versuchen Bottles wiederzubeleben. Die Hexen schmieden unterdessen einen Plan, um Gruntilda einen neuen Körper zu erschaffen. Bei ihrer Reise durch das Hexoland treffen Banjo und Kazooie auf viele neue Charaktere, die ihnen helfen, das Versteck der Hexen zu erreichen. Unter anderem auf den König der Jinjos, Jingaling, der den beiden das erste der 90 Puzzleteile schenkt, dem jedoch kurz darauf die Lebensenergie von den Hexen gestohlen wurde, die damit erreichen wollen, dass Gruntilda einen neuen Körper bekommt.
Gegen Ende des Spiels erreichen die Beiden das Tragödienturm-Quiz, das wie eine Gameshow aufgebaut ist. Banjo spielt hier gegen Mingella und Blobbelda in drei Runden um die meisten Punkte. Nachdem Banjo das Quiz gewonnen hat, flieht Gruntilda auf die Turmspitze. Banjo und Kazooie geben Bottles und Jingaling mithilfe der Maschine B.O.B. (Bi-O-Beamer) ihre Lebensenergie zurück.
Während des Endkampfs gegen Gruntilda, die sich auf der Turmspitze in dem Grabbohrer der Hexen verschanzt hat, lässt sie einen ihrer Flüche fallen. Daraufhin explodiert der Grabbohrer mitsamt der Hexe. In der Schlusssequenz spielen Banjo und andere Hauptcharaktere Hacky-Hex-Sac, eine Art Fußball, mit dem, was von Gruntilda übrig ist: Ihrem Kopf. Sie erwähnt den Nachfolger des Spiels, damals noch unter dem Namen Banjo-Threeie bekannt.